Tipo de microscopia de varredura por sonda, na qual uma agulha muito fina condutora é removida apenas poucos angstrons acima da superfície da amostra. A minuscula corrente de tunelamento que flui entre a amostra e a ponta da agulha é medida e a partir destes dados são produzidas topografias tridimensionais. Devido à pobre condutividade eletrônica da maioria das amostras biológicas, finas camadas de metal são depositadas na amostra.