rna, em geral preparado através da transcrição de um DNA clonado, que se complementa a um RNAm ou DNA específico e é geralmente utilizado em estudos de genes virais, distribuição de um rna específico em tecidos e células, integração de DNA virais a genomas, transcrição, etc. Enquanto as sondas de dna são preferidas para o uso em nível mais macroscópico para detectar a presença de DNA/rna de espécies ou subespécies específicas, as sondas de rna são preferidas para estudos genéticos. Marcadores convencionais para a sonda de rna incluem sondas de radioisótopos 32P e 125I e o marcador químico biotina. As sondas de RNAm podem ser ainda subdivididas por categoria em sondas de RNAm plus-sense, sondas de RNAm minus-sense e sondas de RNAm anti-sense.