Protótipo e membro melhor estudado da família das semaforinas. A semaforina 3A é um sinalizador (guidance cue) axônio-repulsivo para migração de neurônios durante o desenvolvimento do sistema nervoso. Tem sido encontrada só em vertebrados (até o momento) e se liga aos receptores do complexo neuropilina-1/plexina em cones de crescimento. Como outras semaforinas da classe 3, é uma proteína secretada.