Complexo nuclear de rna-proteína que desempenha um papel no processamento do rna. No nucleoplasma, a U4-U6 snRNP juntamente com a U5 snRNP reúnem-se numa única partícula de 25S que se liga às U1 e U2 snRNPs e ao substrato para formar os spliceossomos maduros. Há também evidência da existência de U4 ou U6 snRNPs individuais, além da sua organização como uma U4-U6 snRNP.