Flavoenzima ligada à membrana que catalisa a aromatização dependente de oxigênio do protoporfirinogênio IX (protógeno) a protoporfirina IX (Proto IX). É a última enzima da ramificação comum entre as vias da heme e da clorofila em plantas, e é o alvo molecular dos herbicidas do tipo difenil-éter. A porfiria variegada é um transtorno autossômico dominante associado com deficiência da protoporfirinogênio oxidase.