Flavoenzima rodeada de membrana que cataliza la aromatización del protoporfirinógeno IX (Protogén) a protoporfirina IX (Proto IX). Es la última enzima de la cadena común del hemo y de la clorofila en las plantas y es la molécula sobre la que actúan los herbicidas de tipo difenil-éter. La porfiria variegata es un trastorno autosómico dominante asociado a déficit de protoporfirinógeno-oxidasa.