Proteínas que apresentam o domínio hélice-loop-hélice básico (bHLH), contêm atividade de HISTONA ACETILTRANSFERASE intrínseca e desenvolvem papéis importantes na regulação do ritmo circadiano. As proteínas clock combinam-se com proteínas ARNTL, formando fatores de transcrição heterodiméricos específicos para elementos e-box e que estimulam a transcrição de vários genes E-box envolvidos na regulação cíclica. Esta ativação transcricional também desencadeia um loop de retroalimentação dependente do horário que, por sua vez, regula negativamente a expressão de proteínas clock.