Ett mindre fragment som bildas när C3-konvertas spjälkar C3 i C3a och C3b. C3a är en peptid med 77 aminosyror som innehåller karboxiterminerat arginin, avgörande för dess biologiska aktivitet. C3a orsakar symtom på omedelbar överkänslighet (anafylaxi), inklusive sammandragning av glatt muskulatur, frisläppande av histamin från mastceller och lokal inflammation. Jämte C4a, C5a och C5a-des-arginin räknas C3a som ett anafylatoxin.