Deacetilasas que separan grupos N-acetil de las cadenas aminósidas de los aminoácidos de histonas. La familia de enzimas pueden dividirse en al menos tres subclases estructuralmente definidas. La clase I y la clase II de desacetilasas utilizan un mecanismo dependiente de zinc. Las sirtuinas son histona deacetilasas que pertenecen a la clase III y son enzimas dependientes de nad.