Stora transmembranglykoproteiner (alfa och beta) med icke-kovalenta bindningar. Båda kedjor kan vara polymorfa, men betakedjorna har större strukturella variationer. Klass II-antigener hos människa kallas hla-d-antigener och kodas av en gen på kromosom 6. Hos möss är det två gener, IA och IE på kromosom 17 som kodar för H-2-antigenerna. Antigenerna finns på b-lymfocyter, makrofager, epidermalceller och sädesceller och tros förmedla verkningsförmågan och cellsamverkan vid immunsvar. Termen IA-antigener avsåg förr endast de proteiner som kodades av IA-generna hos möss, men används numera som generell benämning på alla histokompatibilitetsantigener av klass II.