Enzima alostérica que regula a glicólise e a neoglicogênese por meio da catalização da transferência do grupo fosfato do ATP para a frutose-6-fosfato, levando à formação de frutose-2,6-difosfato, um efetor alostérico para outra 6-fosfofrutoquinase, a fosfofrutoquinase-1. A fosfofrutoquinase-2 é bifuncional: a forma desfosforilada é uma quinase e a forma fosforilada é uma fosfatase que quebra a frutose 2,6-difosfato gerando a frutose-6-fosfato.