Ett allosteriskt enzym som reglerar glykolys och glukoneogenes genom att katalysera överföring av en fosfatgrupp från ATP till fruktos-6-fosfat, vilket ger fruktos-2,6-bisfosfat, en allosterisk effektor för det andra 6-fosfofruktokinaset, fosfofruktokinas-1. fosfofruktokinas-2 har dubbla funktioner: den defosforylerade formen är ett kinas, och den fosforylerade formen är ett fosfatas som bryter ned fruktos-2,6-bisfosfat till att ge fruktos-6-fosfat. EC 2.7.1.105.