Dominio transmembrana que contiene efrina que se une con alta afinidad al receptor ephb1, receptor ephb3 y receptor ephb4. La efrina-b2 se manifiesta en distintos tejidos adultos. Durante la embriogénesis se ven altos niveles de de efrina-b2 en el PROSENCÉFALO, ROMBENCÉFALO, somitos en desarrollo, BROTE DE MIEMBRO y arcos bronquiales.