Ett transmembranområde innehållande efrin. det befanns ursprungligen vara specifikt för EPHB3-receptorn, men har sedan dess visat sig kunna binda till ett flertal eph-receptorer. Under embryobildningen uttrycks efrin-b3 i höga nivåer i det ventrala nervröret. I vävnader hos vuxna påträffas det ffa i hjärna och hjärta.