Art- eller underartspecifikt dna (inkl. komplementärt dna, bevarade gener, hela kromosomer eller hela genom), vilket används i hybridiseringsstudier för att identifiera mikroorganismer, mäta dna-dna-homologier, gruppera underarter osv. dna-sonden hybridiseras med specifikt mRNA, om sådant finns. Konventionella metoder för påvisande av hybridiseringsprodukten omfattar dot blot-test, Southern blot-test och dna:rna-hybridspecifika antikroppstest. Konventionell märkning av dna-sonden sker med radioisotoperna 32P och 125I, eller med den kemiska markören biotin. dna-sondtekniken utgör ett specifikt, känsligt, snabbt och billigt alternativ till cellodlingsmetoder för diagnostisering av infektionssjukdomar.