Grandes glicoproteínas (alfa e beta) transmembranas ligadas não covalentemente. As duas cadeias podem ser polimórficas embora haja mais variação estrutural nas cadeias beta. Os antígenos classe II no homem são chamados ANTÍGENOS HLA-D e são codificados por um gene do cromossomo 6. Nos camundongos, dois genes (IA e IE) do cromossomo 17 codificam os antígenos h-2. Os antígenos são encontrados nos linfócitos b, nos macrófagos, nas células da epiderme, e no esperma e acredita-se que mediem a competência celular e sua cooperação na resposta imune. O termo antígenos IA era usado para se referir somente às proteínas codificadas pelos genes IA no camundongo, mas agora é usado como termo genérico para qualquer antígeno de histocompatibilidade classe II.