Enzima de la síntesis de ácidos grasos de cadena larga, que adiciona una unidad de dos carbonos de malonil (proteína transportadora de acilo) a otra molécula de acilo de ácido grasos (proteína transportadora de acilo), formando un beta-cetoacil-(proteína transportadora de acilo) con liberación de dióxido de carbono. EC 2.3.1.41.